Brian est né d'un père américain d'origines franco-italienne, et d'une mère écossaise. Cadet d'une famille de deux garçons, il suit son père, banquier évoluant dans le domaine des finances internationales. C'est ainsi qu'il réside durant les trois premières années de sa vie au Liban puis au Liberia, avant d'emménager définitivement au Luxembourg. C'est grâce à cette enfance passée au Grand-Duché qu'il est devenu parfaitement francophone.
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Dans ce nouveau pays Brian commence tôt son initiation aux différents arts du spectacle : à 11 ans il fait ses premiers pas sur la scène du théâtre de son école. Dans le même temps, il assiste à son premier concert du groupe français Téléphone de passage à Arlon en Belgique.
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En parallèle à cette vie artistique qui s'ouvre devant lui, Brian a une vie spirituelle et surtout religieuse plus riche que la majorité des enfants de son âge. Sa mère, très catholique, l'initie très tôt à la religion qu'elle aime tant : à 13 ans il est ainsi un « born again Christian », c'est-à-dire un « chrétien re-né ». Il fréquente assidûment l'Église, passe beaucoup de temps en compagnie du prêtre de sa paroisse et participe même à ses séminaires. Il se plonge dans des lectures répétées de la Bible. Cependant, lorsqu'à 14 ans il découvre sa sexualité, Brian rejette tout ce cadre religieux et entre dans une période de rébellion qui marque la fin de son « histoire d'amour avec la religion organisée ». Il en gardera quand même une grande connaissance.
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Durant son adolescence, Brian s'ennuie au Luxembourg mais il y avait d'après lui de très bons disquaires. Il entre alors dans une boulimie de musique : il passe ses journées entières dans sa chambre à écouter et écouter encore les disques qu'il peut se procurer. Toujours passionné de théâtre, il demande à ses parents de l'inscrire au cours d'art dramatique mais doit affronter le refus de ceux-ci ; il a alors 16 ans et s'enfonce encore plus profondément dans son addiction musicale, et apprend en parallèle de ses études la guitare en autodidacte, tout seul dans sa chambre.
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Quelque temps plus tard, en octobre 1990, deux mois avant sa majorité, Brian quitte la demeure familiale et déménage à Londres où il renoue avec ses premières amours en s'inscrivant au cours d'art dramatique du Goldsmith's College pendant deux ans au bout desquels il obtient son diplôme. En parallèle de ses études, il s'essaie un peu au mannequinat et défile. Il garde de cette expérience le goût des vêtements sobres mais très élégants. Il joue aussi dans des clubs londoniens, accompagné de Steve Hewitt, un batteur qu'il a rencontré en 1991 par l'intermédiaire d'une amie commune, et avec qui il travaille parfois sur des projets musicaux.
Leader charismatique, provocateur et ambigu dont le passé sulfureux (drogue, alcool, sexe), l'androgynie et la bisexualité ont souvent défrayé la chronique, Brian Molko reste une icône pour beaucoup de gens, de gens, de la tolérance et de la marginalité.
